蚩尤在回到人族之后，便开始参悟刑天所给‘十二都天神煞大阵’的秘法，结果让他十分震惊，他没有想这‘十二都天神煞大阵’的要求是如此的高，需要祖巫方可布阵，巫妖大战后期的‘十二都天神煞大阵’并不是完全整版的，他现在想布此阵是不可能的，唯一的方法就是修改‘十二都天神煞大阵’，几经思索之后，蚩尤终于想出一种方法来改变‘十二都天神煞大阵’，就是以阿修罗道中的邪法，炼制十二枝都天神煞幡，来代替十二祖巫用以布阵。虽然如此以来大阵的威力会大减，但上古三大凶阵之名也不是白叫的，就凭阐教诸仙的修为是无法抵挡此阵的威力。
蚩尤想想倒是挺好，但实际却出乎他的意料，十二支都天神煞幡炼成后，‘十二都天神煞大阵’却是无论如何也布不起来，这让蚩尤感到十分恼火。
这时，大巫风伯说道：“十二都天神煞大阵是以十二祖巫为基础，这十二支都天神煞幡虽然也是不错的宝物，但与十二祖巫却是无法相比，因为它们没有十二祖巫的烙印，所以无法布阵。”
听到风伯的提醒，蚩尤这才恍然大悟，既然十二都天神煞大阵无法布置，那么他可以根据‘十二都天神煞大阵’的原理另行创造一阵法。
于是，蚩尤便开始与大巫风伯及雨师等人一起研究，如何根据‘十二都天神煞大阵’的原理创出一威力不俗的阵法。
几经波折，蚩尤等人终于以‘十二都天神煞大阵’为原型，创造出了‘玄阴大阵’，此阵是是巫门秘法融合了阿修罗道的魔功所成，大阵用十三支玄阴幡，每支幡上都有一天外阴魔为幡灵，大阵一起方圆百里之内都被玄阴之气所笼罩，让人迷失在玄阴大阵之中，用以攻击十三头天外阴魔无影无形，杀人于无形之中，并可吸收灵魂增强自身力量。
此阵一成，蚩尤心中算是落下了一块大石，自己终于有能力与阐教一较高下，拖住了阐教众仙，那轩辕就失去了最大的强援，根本就不是蚩尤所领导九黎部落大军的对手。
蚩尤再被伏击之后元气大伤，便下令停止了对轩辕的攻击，开始休养生息，而轩辕虽然成功地伏击了蚩尤，但人族大军在前些时间里也是损失惨重，也无力对蚩尤发动反击，一时间，双方都平静下来，恢复自身元气，极集为下一次战斗做准备。
蚩尤在有了玄阴大阵之后，便发动部落再紧备战，准备一举拿下轩辕，成就人皇之位。
广成子在得到同门的支援后，信心大增，一直开始鼓动轩辕早日反攻蚩尤，好报那一箭之仇，轩辕本身也对蚩尤是愤恨万分，人族经过了这场大战死伤无数，这对他刚接人皇之位带来了很大的负面影响，人族中已有传言，说他不该得这人皇之位，所以上天降下天谴，所以才会让人族遭受如此大的伤亡。
人族内部有如此大的谣言，这让轩辕感到压力骤增。广成子也不断地鼓动他早日出兵，踏平蚩尤部落自然能平息人族内部的骚动。轩辕也想出兵可是他的大军也是伤亡惨重，而且许多士兵都开始有抵触战争的情绪，这让轩辕十分为难。
女娲娘娘为妖族圣人，见巫族插手人皇之争，便让龙族出兵相助轩辕，龙族自祖龙身死后，在洪荒中的地位急剧下降，好在后来绑上了天庭，被昊天大帝封了四海龙王，管理海族，总算是有了个靠山。
龙族在接到了女娲娘娘的命令后，有些犹豫不定，在巫妖时期他们与妖族并不往来，所以并不受女娲娘的管理，此时他们并不想身入劫中，可是又不敢违背女娲娘娘的命令，最后无奈之下他们还是派出了应龙及部分龙族前去支援轩辕。
应龙的到来，有如雪中送碳，让轩辕解了无兵之忧。龙族援兵的到来压下了人族中原来对轩辕有所不满的声音，轩辕有了龙族的支援后，信心大增，在龙族大军稍坐休息后，便挥军直入向蚩尤部落杀去。
轩辕大军一动，立即惊动了蚩尤。有了玄阴大阵，蚩尤根本就没有将轩辕放在心上，上次他吃了对方的伏击之亏，这次蚩尤也采用轩辕的战术，暗中在部落之外布下了玄阴大阵，只待轩辕大军一到，便立即发动大阵全歼轩辕的大军。
轩辕见有龙族相助气势大增，并不认为凭九黎部落能抵抗得了他所带领的大军，所以一路高歌凯进，蚩尤打定注意要以其人之道，还之其人之身，用伏击战术来消灭轩辕所带领的大军，所以坚壁清野，部落中人都齐聚一起准备给轩辕一个迎头棒击。
轩辕在有了龙族大军，再加上有阐教众仙的扶持，根本就没将蚩尤放在心上，认为大军一到蚩尤及九黎部落必将败亡，所以警惕之心大减。
广成子对于此战也是信心十足，认为必能一举斩灭蚩尤，出了心中的那口怨气。在阐教众仙之中也只有燃灯为人小心谨慎，认为蚩尤不可能如广成子与轩辕所想的那样容易歼灭，但由于此时他已对阐教萌生异心，所以并没有提示阐教诸仙及轩辕小心防范蚩尤。
应龙对龙族让自己身入劫中不由于对龙族产生了异心，他知道轩辕为人皇，必能修成正果，所以便背叛了龙族，投身于轩辕门下，轩辕在得到应龙的投靠十分高兴，认为自己得天道眷顾，就连龙族都来投靠，这可是能让他在人族的威望盖过前两任人皇。
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